2016年2月20日，武汉大学中国科学评价研究中心(RCCSE)、中国教育质量评价中心联合中国科教评价网隆重推出《2016年中国大学及学科专业评价咨询报告》。这是RCCSE连续第13次发布中国大学及学科专业评价结果。
本次大学评价的院校对象为国内具有普通高等教育招生资格的院校(不含军事类院校和港澳台地区高校)，总计达到2552所，其中含945所普通本科院校(包括135所重点大学，662所一般大学，148所民办本科院校)、271所独立学院、1336所高职高专院校(包括308所民办高职高专)。本次评价的专业对象共有495个本科专业。共获得602个榜单。
2016-2017年南京(江苏)的大学排名
| 1 | 南京大学 | 江苏 |
| 2 | 东南大学 | 江苏 |
| 3 | 苏州大学 | 江苏 |
| 4 | 南京师范大学 | 江苏 |
| 5 | 南京农业大学 | 江苏 |
| 6 | 南京航空航天大学 | 江苏 |
| 7 | 南京理工大学 | 江苏 |
| 8 | 江南大学 | 江苏 |
| 9 | 河海大学 | 江苏 |
| 10 | 中国矿业大学(徐州) | 江苏 |
| 11 | 扬州大学 | 江苏 |
| 12 | 江苏大学 | 江苏 |
| 13 | 南京工业大学 | 江苏 |
| 14 | 南京医科大学 | 江苏 |
| 15 | 南京邮电大学 | 江苏 |
| 16 | 南京林业大学 | 江苏 |
| 17 | 中国药科大学 | 江苏 |
| 18 | 南京信息工程大学 | 江苏 |
| 19 | 南京中医药大学 | 江苏 |
| 20 | 南通大学 | 江苏 |